东港市对外贸易经济合作局设3个职能科室。

（一）办公室

负责处理局内日常政务，负责机关文秘、档案、信访、财务、人事和后勤服务等项工作；负责局机关党建、干部管理和精神文明建设工作。

（二）外资外联科

负责全市对外开放工作；负责联系、安排、协调局内重要外事活动；负责协调、安排市政府领导率经贸团出访活动；负责掌握东港与国外和港、澳、台地区的经济贸易情况；负责外经贸宣传和新闻发布会，接待和安排外国新闻团组采访；承办审批国外客商来访的邀请函；负责外商常驻代表机构管理；分析、研究全市外商投资的动态，定期向市政府报送有关情况；研究拟定全市利用外资计划目标和相关政策并组织实施；负责外商投资企业合同章程的审批；参与并指导有关重大外商投资项目的商务谈判、技术交流；组织并参与我市大型的国内外招商引资活动；负责我市利用外资项目库建设和利用外资统计与分析。负责全市对外经济技术合作项目管理工作；负责对外工程承包、劳务合作、技术进出口、国际经援及境外投资办厂等项目的审核申报；负责对外经济协调工作。

（三）外企外贸科

负责全市对外贸易的宏观管理；制订我市有关对外贸易方面的政策；编制对外贸易发展规划和年度计划并组织实施；负责外贸业务的统计及运行情况分析；协调指导全市出口产品结构调整；负责出口商品的商标、质量、价格管理，协调解决外贸工作中的重要问题；申办进出口商品许可证、配额；申报进出口经营权；组织企业参加国内外重要的进出口交易会、洽谈会、展销会、博览会等；负责贸易出国团组审查；协调外资、外贸企业与相关职能部门的关系；研究制定地方性的外商投资企业管理办法并组织实施；负责外商投资企业有关合同、章程条款的修改、股权变更的会签工作；负责组织对全市外商投资企业的年检；负责调查分析本地区外商投资企业生产经营状况：监督外商投资企业执行法律、法规和合同情况；负责外商投资企业缴资、开业投产的跟踪管理；受理外商投资企业投诉并协调解决合营各方之间的纠纷；负责全市机电产品的进出口管理工作。负责对全市派驻境外的贸易机构实行统一管理；负责组织产业损害调查和农产品、重要工业品及原材料进出口计划的组织实施。