东港市科技局内设办公室、农业科技管理科、工业科技管理科、财务科、知识产权执法科、产学研合作办公室、知识产权管理办公室7个科室。下辖东港市科技情报研究所、东港市生产力促进中心、东港市知识产权执法大队、东港市科技市场4个事业单位。

（一）办公室：主要组织协调局机关日常工作。负责各类信息的上传下达，做好来文来电收发、登记、传递、交办、督办、建档和存查等工作。草拟全局工作计划、总结、重要文件、简报等文字材料。

（二）农业科技管理科：主要负责全市农业方面的科技攻关及产业化、农业人才培养、农业技术培训等各项工作；

（三）工业科技管理科：主要负责全市工业方面的科技攻关及产业化、科研创新人才培养、高新技术产业发展统计、研发机构创建等各项工作；

（四）财务科：主要负责编制全市科学事业费、科技“三项费”、科技外事经费和科研基础设施等有关经费的预、决算；负责制定科技经费的管理办法，并对经费使用管理进行监督；

（五）知识产权执法科：主要负责贯彻执行知识产权方面的政策方针，负责保护专利、案件查处、案件调处、仲裁鉴定咨询、知识产权知识宣传、指导中介和企业专利工作等。

（六）产学研合作办公室：主要负责东港企事业单位与国内外大专院校科研院所建立科技合作关系方面工作；

（七）知识产权管理办公室：主要负责管理全市知识产权保护、专利申请、档案管理等方面工作。