东港市粮食局设11个内设机构。

（一）办公室

负责车辆、档案、保密、后勤保障、公务接待、文件收发、办公用品采购、行政业务材料等管理工作。

（二）财务管理科

负责局机关和企事业单位财务管理、会计核算、内部审计、会计报表、专项资金管理、债务清欠、保障帐户资金安全等工作。

（三）国有资产管理科

负责国有资产监督管理、债务清理、招商引资、资产评估、出售企业人员安置等工作。

（四）行政执法科

负责辖区内粮食监督检查。包括：收购、销售、储存、运输等环节监督检查，确保粮食安全等工作。

（五）军供统计科

负责军粮供应质量的监督检查，军粮储备基地的管理；沟通上级主管部门争取补贴资金，项目资金，协调驻军单位搞好军民共建工作；做好国有和非国有粮食企业统计报表、粮食平衡调查、价格信息报送等工作。

（六）综合治理、安全生产科

负责安全生产、综合治理、消防安全、治安防范、法制宣传、社会稳定的监督管理工作。

（七）行业管理科

负责粮食收购、储存、保管、轮换及销售管理、行业管理和收储企业资格认定、项目建设审核申报等工作。

（八）人事科

负责机关、企事业单位在职干部、职工、离退休人员、政策性界定人员的工资、保险、福利的管理及统计等工作。

（九）信访科

负责协调有关部门答复来信来访所提出的问题，并做好上访人的思想稳控和疏导工作，完成信访部门交办的信访事项。

（十）党委办公室

负责局党委的日常党务工作，负责局机关、直属企事业单位党的建设、思想政治和精神文明建设工作。

（十一）粮食储备科

负责对储备粮的保管、收购、储备、轮换进行指导管理，对日常工作进行监督等。