一、办公室：负责编制党建工作计划、创建工作规划、审计宣传工作计划；检查计划、规划执行情况；起草审计工作总结、统计上报工作成果；编发审计信息、审计情况、审计送阅件；开展审计科研、加强审计工作质量控制；负责文书处理、发放各种文件；制订机关内控制度、工作目标考核、管理及惩罚办法；抓好机关财务、车辆、资产、人事劳资、后勤事务及日常政务管理；组织审计干部审计资格考试、职称评定；抓好各种会议保障、机关信息化建设；协助业务科室工作、检查审计工作质量、审计执法监督、实施审计复核；受理审计行政复议和应诉、接待被审计单位及群众来访；指导内部审计、社会审计、乡镇审计工作；负责抓好机关安全保卫、环境卫生、妇女工作、老干部工作等。

二、综合科:负责编制审计工作规划、计划，督察审计整改工作落实情况。
三、财政审计1科：负责对市本级财政预算执行情况、预算外资金的收支管理使用情况、乡镇财政决算情况、税收征管情况以及市国库办理市预算资金缴纳拨付情况的财政财务收支审计、开展专项资金审计和审计调查。负责草拟市本级上一年度财政预算执行及其他财政收支的审计结果的报告。

四、财政审计2科：负责对市本级财政预算执行情况、预算外资金的收支管理使用情况，乡镇财政决算情况、税收征管情况以及市国库办理市预算资金缴纳拨付情况的财政财务收支审计、开展专项资金审计和审计调查。

五、金融投资审计科：负责对全市城建局、环保局、综合执法局、各农场、公、检、法系统、上级授权的金融保险行业及其所属的事业单位财务收支审计，开展专项审计和审计调查。

六、农事审计科：负责对农村经济局、海洋与渔业局、国土资源局、水利局、林业局、供销社及其所属单位财务收支审计，开展专项审计和审计调查。

七、经贸审计处：负责对交通局、商业局、粮食局、民政局、劳动局、经济局、外经局、社会保险公司、国有或国有控股企业的财务收支审计，开展专项审计和审计调查。
八、行政事业审计科：负责市直党政机关、直属事业单位、社会团体、文教系统、广播电视系统及所属单位的财政财务收支审计，开展专项审计和审计调查。

九、经济责任审计科：草拟东港市党政领导干部任期经济责任审计实施办法，制定经济责任审计规范；组织、指导、实施东港市科级党政干部任期经济责任审计；开展乡镇党政领导干部任期经济责任审计，监督、指导、检查村级党政领导干部任期经济责任审计工作实施情况；编报经济责任审计工作成果；开展经济责任审计调研。

十、政府投资项目审计中心：负责对国家投资的基建项目进行工程造价审计和工程竣工决算审计；负责对国家建设资金运行进行审计监督；负责对重点建设项目和涉及到国计民生利益的工程项目的前期准备、建设施工及预算的真实合法、效益情况进行全过程的跟踪审计；负责对国家投资的固定资产的管理和使用情况进行专项审计和审计调查；负责完成审计机关交办的其他工作。