东港市环境保护局设5个内设机构。
一、办公室
1.负责机关印信、文秘、保卫、档案、建议提案催办等日常政务及后勤保障工作；
2.负责人事、劳资、计划生育、职工教育、离退休干部的管理等工作；
3.负责机构编制、纪检监察、人才、统战工作、党风廉政工作；
4.负责文字综合、绩效管理 、事业单位分类改革；
5.负责党的组织建设，指导全局各项党的建设；共青团、工会、妇女工作；
6.负责全系统财务、审计、固定资产、保险福利、公积金、预算决算等工作。
二、污染控制科
1.负责编制实施全市环境保护规划、计划和功能区划；实绩（绩效）考核、环补资金项目监管工作；负责环保模范城市创建工作；
2.负责监督管理全市大气、水体、噪声、光、恶臭、振动等污染防治工作；监督指导环境安全、应急处置、安全生产工作；
3.负责排污许可证发放、污染物总量控制、污染减排、环境统计工作；监督指导排污申报登记、污染源限期治理和达标排放；
4.负责核安全、辐射环境、对放射性废物的管理；负责全市固体废物、化学品、电磁辐射污染防治与管理；负责辖区内进出口废物的申报监督管理。
三、项目审批管理科
1.贯彻实施国家、省、市有关建设项目环境保护的法律、法规和规章；
2.负责辖区内各类建设项目环境影响评价文件的审批；指导各类规划环评的编制和审查工作；
3.负责建设项目的环境保护设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用验收工作，监督指导“三同时”日常监管工作；
4.负责行政审批制度改革工作。
四、生态科
1.贯彻国家、省、市有关生态保护政策、法规；组织、协调、监督检查全市各职能部门生态环境的保护工作；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、生态环境建设和生态破坏恢复工作；负责饮用水源保护范围内的生态环境保护工作；
2.负责农村环境保护和农村饮用水源地保护工作，监督、指导农村环境综合整治和污染防治；协调有机食品发展工作和生态农业建设；
3.负责环保知识宣传，开展各类环境教育；负责精神文明建设，开展志愿活动工作；负责组织开展各类绿色创建，组织协调创建文明城、园林城、卫生城等有关环保工作。
五、法制科
1.负责依法行政和普法工作
2.负责对本部门制定的规范性文件进行合法性审核；负责执法案卷的审核、归档工作；负责本机关行政复议、行政赔偿和行政诉讼的有关工作；
3.组织开展执行环境保护法律、法规情况的检查；组织法制培训、执法人员考核及行政执法证件管理工作；负责信用及诚信体系建设；
4.负责机动车污染防治、环保产品认定和清洁生产审核；负责科普培训、环境保护科技推广工作；
5.负责政务公开、政府信息公开、网站管理和各类信息工作。
2017年6月13日更新
