大孤山经济区管委会为东港市政府派出机构，机构规格正处级，设主任职数1名，由东港市政府主要领导兼任，设常务副主任职数1名（副处级）、副主任职数3名（副处级）。
　　下设6个正科级机构：
　　１．行政综合办公室
　　２．党群工作部（挂纪工委牌子）
　　３．财政局
　　４．建设局
　　５．经济发展局（挂安全生产监督管理局牌子）
　　６．招商局（挂营商环境建设监督局牌子）
　　大孤山经济区管委会所属事业单位8个：
　　１．东港市国土资源执法监察大队大孤山中队
　　２．大孤山经济区建设工程安全质量监督站
　　３．大孤山经济区财政局国库收付中心（大孤山经济区会计核算中心）
　　４．大孤山经济区投资审核中心（大孤山经济区中小企业信用担保中心、大孤山经济区采购中心、大孤山经济区建设工程招标管理办公室）
　　５．大孤山经济区房屋征收管理办公室
　　６．大孤山经济区招商代理服务中心
　　７．大孤山经济区公共事业处（大孤山经济区水务工程建设项目管理处）
　　８．大孤山经济区企业服务中心（园区管理办公室）