市海洋与渔业局设5个内设机构
（一）办公室
负责文秘、文电、会务、机要、档案，承担信息、国家安全、保密、信访、共青团、负责全局党的建设、精神文明建设、思想政治工作，负责宣传、信息工作；负责局机关干部和直属单位领导班子的考核、任免、培训；承办局机关和直属单位人事与机构编制管理、劳动工资等工作。负责职称评定工作；负责离退休干部工作；对外宣传、政务公开、社会治安综合治理等工作；负责政务督查办工作。
（二）渔业科
组织拟订全市渔业产业的政策、规划、计划与组织实施；拟订全市渔业科技发展规划、教育规划和政策；提出渔业产业化经营、渔民专业合作组织发展的政策措施；提出渔业生产化经营、渔民专业化合作组织发展的政策措施；指导全市水产养殖业、捕捞业和加工业发展；负责水产苗种监督管理；承担渔业技术引进、成果转化和推广，组织渔民从业技能和渔业劳动力转移就业培训
（三）海洋科
编制并实施海洋功能区划、海岸带保护与利用规划、围填海计划及海岛保护规划；承担海域使用项目的审核、监督管理及海域使用登记，核发海域使用权证书；承担无居民海岛的开发、建设、保护与管理；组织实施海水利用和海洋可再生能源研发、应用；扶着全市海洋环境的调查、监测、监视和评价，编制海洋专项环境信息；核准海洋工作项目建设、审核海岸工程建设项目的环境影响报告书，组织渔业水域环境监督管理、质量评价和污染事故调查处理
（四）法制监督科
贯彻执行国家和省、市有关发展海洋与渔业经济的法律、法规、规章和政策，对海洋与渔业执法检查机构执行法律、法规情况进行监督；负责制定全市海洋与渔业经济发展和管理的规范性文件；负责海洋与渔业的法制宣传工作，海洋与渔业的行政复议工作，承办处理重大权益纠纷，查处重大违法案件；负责划定管理海洋自然保护区；负责珍稀水生动物保护工作。
（五）经济管理科
负责直属单位生产经营的宏观管理，监督其年度计划的实施；负责直属单位安全生产；负责财务政策调研，提出海洋渔业资金投向和分配意见；对直属单位财务业务和人员实施指导、培训；负责管理直属单位的固定资产；负责编制年报；负责组织协调招商引资工作。
